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国外域名注册商网站,广州智能科技有限公司,嘉兴手机网站建设,国外服务器购买PaddleHelix#xff08;中文名“螺旋桨”#xff09;是百度基于飞桨#xff08;PaddlePaddle#xff09;深度学习框架开源的生物计算平台#xff0c;把 AI 能力打包成一套“即插即用”的工具集#xff0c;主要服务新药发现、疫苗设计、精准医疗三大场景。 一句话理解中文名“螺旋桨”是百度基于飞桨PaddlePaddle深度学习框架开源的生物计算平台把 AI 能力打包成一套“即插即用”的工具集主要服务新药发现、疫苗设计、精准医疗三大场景。一句话理解“做生物医药领域的 AI 基建让不会写算法的人也能 5 行代码跑蛋白结构预测或分子生成。” 核心能力9 大模型工具模块典型任务代表模型 / 算法1. 蛋白结构预测单序列、复合物、DNA-蛋白-小分子共折叠HelixFold3精度对标 AlphaFold32. 分子属性预测ADMET、溶解度、毒性HelixGEM-2OGB 榜单第一3. 药物-靶点相互作用 DTI亲和力打分、虚拟筛选GraphDTA、MolTrans4. 分子生成全新骨架、类药性、可合成性MolGen、HelixGEM5. RNA 结构与设计二级结构预测、mRNA 疫苗序列优化LinearFold、LinearPartition线性时间比传统快数百倍6. 蛋白-蛋白相互作用 PPI结合位点、亲和力HelixPPI7. 药物-药物协同 DDS联合用药效果预测HelixDDS8. 化合物表征大规模预训练、迁移学习Compound-BERT9. 蛋白表征序列到功能端到端嵌入Protein-BERT 技术亮点预训练微调范式先在上亿分子、百万蛋白序列上做自监督预训练再在小样本下游任务微调解决生物数据稀缺问题。几何感知图神经网络把原子当成节点、化学键当边让模型自动学习 3D 构象信息比传统指纹描述符更准。“单机API”双模式开源代码GitHub 直接 clone 就能跑支持 CPU/GPU。在线 API不会装环境也能调用 HelixFold3 结构预测服务非商用免费商用按量计费。速度优势LinearFold 预测 RNA 二级结构线性时间长序列比传统动态规划快 100–1000 倍。 应用场景速览新药研发虚拟筛选 → 分子生成 → ADMET 预测 → 临床前候选化合物全程 AI 加速。疫苗设计mRNA 疫苗序列优化LinearDesign同时优化稳定性与密码子适应指数。精准医疗根据患者突变谱预测药物-药物协同制定个性化联合方案。 快速体验5 分钟上手# 1. 装飞桨 PaddleHelixpipinstallpaddlepaddle-gpugitclone https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix.git# 2. 跑蛋白结构预测单序列版无需 MSAcdPaddleHelix python scripts/helixfold_single.py --seqMKKLV--out_dir ./result输出.pdb三维坐标文件可直接用 PyMOL 可视化。⚠️ 商用注意HelixFold3 等部分模型采用CC BY-NC-SA 4.0协议禁止直接商用若需商业用途百度提供单独 API 授权需按量付费。✅ 一句话总结PaddleHelix “AI for Bio”全家桶把 AlphaFold 级别的结构预测、OGB 榜首的分子属性预测、线性时间 RNA 设计等能力打包成开源代码 在线 API让生物学家 5 分钟用上最前沿的 AI 模型。与 PaddleHelix 同场竞技、功能“撞车”的国内外生物计算平台/模型2024-2025 年集中爆发可按“结构预测、分子生成、亲和力预测、综合平台”四条赛道对号入座全部开源或部分开源一、蛋白-核酸-配体复合物结构预测AlphaFold3-like名称亮点开源程度相对 AF3 差距备注Boltz-130-60 s 出一条复合物结构MITDoE 背书完全开源含权重精度持平抗体对接略逊已集成 Recursion 管线可商用Boltz-2新增“结合亲和力”输出20 s 完成Pearson r0.62OpenFE 基准推理代码已发训练脚本待放亲和力预测速度↑1000×与 Recursion 共建支持“物理提示”微调OpenFold3首个 AF3 全栈复现RNA 预测略超 AF3裁剪策略保留 RNA 上下文全开源代码权重数据管道抗体-抗原仍落后新配体稍弱联盟成员含 Tamarind Bio可商用Chai-1专精抗体-抗原对接结合位点定位精度↑模型权重可下载代码部分开源抗体场景接近 AF3通用复合物稍逊适合纳米抗体/IG 设计二、分子生成 属性预测PaddleHelix-GEM 对应名称亮点开源程度性能对标GEM-2PaddleHelix 自产OGB 分子性质榜第一支持 29 种 ADMET 端点完全开源已集成到 PaddleHelixMolGenHelix 组件骨架跃迁可合成性约束支持类药 QED 过滤完全开源与 GEM-2 无缝衔接Boltz-2生成模式Structure-based de-novo ligand design 测试中即将释出脚本尚未公开 benchmarkAlphaREDAF2/AF3 结构 Rosetta 物理打分混合改善对接姿势代码开源适合后期精修三、结合亲和力快速预测替代 FEP名称速度 精度开源备注Boltz-220 s/复合物Pearson r0.62 vs OpenFE推理已开源1000× 快于传统 FEPOpenFE开源 FEP物理精度高但 1-2 h/复合物完全开源可做 Boltz-2 对照四、综合生物计算平台PaddleHelix-like名称功能覆盖开源商业授权PaddleHelix结构属性生成RNA亲和力 一站式全开源非商用免费商用需百度授权Neurosnap在线 API 集成 Boltz-1/2、OpenFold3、Chai-1零安装部分模型开源按量计费可商用ColabFoldAF2/AF3 快速推理MMseqs2 加速 MSA开源适合个人研究五、一句话速选指南想本地跑、完全免费、复合物预测→ Boltz-1 / OpenFold3要同时预测“结构亲和力”且速度逆天→ Boltz-2专做抗体、纳米抗体→ Chai-1RNA 结构/疫苗设计→ OpenFold3RNA 精度↑或 PaddleHelix LinearFold分子生成ADMET 端到端→ PaddleHelix GEM-2 / MolGen零安装、在线 API、可商用→ Neurosnap 平台集成 Boltz OpenFold3以上模型均 2024-2025 年发布社区活跃可无缝替换 PaddleHelix 的对应模块根据任务选“专才”比“通才”往往更快、更准。维度PaddleHelixGEM-2/MolGenDrugGen差异一句话技术路线几何图神经网络自监督预训练GPT-2 大语言模型SFTPPO 强化学习Helix 用“图”DrugGen 用“语言”输入靶点 3D 结构或序列药效团约束仅蛋白质序列或 UniProt IDDrugGen 无需结构门槛最低输出3D 构象多种理化/ADMET 终点100% 有效 SMILES预测亲和力Helix 给“成药性报告”DrugGen 给“化学式”亲和力精度OGB 榜居首回归误差 0.02 log 单位PLAPT 预测中位数 7.22 vs DrugGPT 5.81提升 24%二者均未做 FEP 级别精修相当化学有效性依赖 RDKit 规则99%内置定制验证器100%DrugGen 略高新颖性可控可调节相似度阈值相对 DrugBank 新颖性 41.9%低于 DrugGPT 66.8%因继承已批准药物特征Helix 更灵活速度单次生成数千分子/分钟批量 10-100 个/次秒级Helix 通量高DrugGen 单条快数据依赖需大规模分子库预训练千万级仅用 9 398 条“已批准药物-靶点”对即可微调DrugGen 小数据友好商用授权非商用免费商用需百度授权论文/代码开源未明确限制目前 DrugGen 更宽松局限需要靶点结构对序列-only 新靶点束手无策无法指定结合口袋ACE 多位点靶点表现下降互补——“结构 vs 序列”一句话选型有 3D 口袋→ PaddleHelix结构导向ADMET 一站式只有序列→ DrugGenLLM 秒级生成100% 有效快速拿 SMILES后期精修→ 两家生成分子都可再扔给 Boltz-1/2 或 FEP 做“二级过滤”。