企业官网建设流程全解析

网站差异,网页设计与制作哪家公司好,做外贸哪些网站比较好,三水顺德网站建设简要概述分泌蛋白是细胞间通讯的核心介质#xff0c;可作为多种疾病的治疗靶点。人类约 1903 个分泌蛋白编码基因难以通过常规遗传方法研究。为解决这一难题并挖掘癌症治疗靶点#xff0c;开发了癌症免疫学数据引擎#xff08;CIDE#xff0c;https://cide.ccr.cancer.gov可作为多种疾病的治疗靶点。人类约 1903 个分泌蛋白编码基因难以通过常规遗传方法研究。为解决这一难题并挖掘癌症治疗靶点开发了癌症免疫学数据引擎CIDEhttps://cide.ccr.cancer.gov该引擎整合了 90 个组学数据集涵盖 17 种实体瘤的 8575 个肿瘤样本及免疫治疗结果。CIDE 系统筛选出与免疫治疗结果相关的所有基因随后聚焦于 CIDE 优先排序的、无已知癌症相关功能的分泌蛋白并在小鼠模型中验证了 AOAH、CR1L、COLQ 和 ADAMTS7 对免疫检查点阻断疗法的调控作用。其中核心靶点 —— 酰氧基酰基水解酶AOAH通过降解免疫抑制性花生四烯酰磷脂酰胆碱及其氧化衍生物增强 T 细胞受体对弱抗原的敏感性并保护树突状细胞功能在多种肿瘤模型中显著增强免疫治疗效果。#ADAMTS7 #AOAH #COLQ #CR1L #酰氧基酰基水解酶 #花生四烯酰磷脂酰胆碱 #癌症免疫治疗 #数据库 #氧化型磷脂 #分泌蛋白研究亮点CIDE 整合了 5957 名患者的 8575 个组学图谱及免疫治疗结果AOAH、CR1L、COLQ 和 ADAMTS7 是调控免疫治疗响应的分泌蛋白AOAH 通过增强 T 细胞受体功能和树突状细胞活性强化免疫治疗效果被 AOAH 降解的花生四烯酰磷脂酰胆碱会抑制抗肿瘤免疫力。结果图1癌症免疫学数据引擎A含免疫治疗结果的治疗前肿瘤组学数据。从中心向外核心层显示各临床终点的患者比例中间层显示每种数据类型的患者数量外层显示每种癌症类型的患者比例外侧表格显示每种数据类型的数据集数量列颜色与中间层一致RECIST实体瘤疗效评价标准。B癌症免疫学数据引擎CIDE优先级排序流程。用户首先输入基因集输入 1并选择组学数据队列输入 2数据类型颜色与A一致数字表示患者数量CIDE 基于所选队列的基因风险评分中位数对输入基因排序输出 1用户随后选择候选基因输入 3解析单细胞 RNA-seq 数据集的细胞谱系表达输出 2 第1部分、单细胞 RNA-seq 基因表达与免疫治疗结果的细胞类型特异性关联输出 2 第2部分、免疫杀伤压力下癌细胞的 CRISPR 筛选数据输出 3并链接至 DepMap 数据库癌细胞遗传筛选和 Tres 数据库T 细胞 CRISPR 筛选“Sub” 代表抗肿瘤免疫的子成分如 Prf1 缺陷型 T 细胞、癌症与 T 细胞共培养上清液或 IFN-γ。C2元响应预测性能ROC 曲线下面积 AUC。每个点代表1个治疗前肿瘤队列箱线图旁标注样本数生物标志物顺序按所有终点类型的平均性能排名排列箱线图上下沿分别为 25% 和 75% 分位数4分位距须延伸至 1.5 倍四分位距黑色虚线为随机预期值 0.5红色虚线为良好性能阈值 0.7。图2免疫治疗数据的基因风险评分预测分泌蛋白的癌症功能A生存曲线示例。y 轴为各时间点x 轴的生存患者比例基因表达按最佳分离阈值分为高 / 低两组Z 值和 ρ 值通过 Cox 比例风险回归的双侧 Wald 检验计算使用连续值无阈值划分。B基因风险评分。收集 50 个治疗前肿瘤转录组队列列涵盖多种患者免疫治疗结果底部标记每个基因行的风险评分量化表达水平与结局的关联热图仅包含 66 个在队列中具有显著中位数风险评分的分泌蛋白实心色代表盲法文献注释结果透明色代表后续对未标注基因的补充注释。CCIDE 预测与盲法注释的混淆矩阵p 值通过双侧 Fisher 精确检验计算。D基于C混淆矩阵的分泌蛋白功能预测性能Accuracy_coin随机预测基准值F1_coin全部预测为抑癌或促癌的基准值。E优先排序分泌蛋白的肿瘤耐受 T 细胞Tres评分x 轴B中免疫治疗队列的 CIDE 中位数风险评分y 轴Tres 分析的单细胞数据集中位数评分p 值通过双侧 Wilcoxon 符号秩检验计算与0比较。图3此前未被鉴定的癌症免疫治疗响应分泌调控因子A优先排序分泌蛋白的风险评分每个点代表1个临床队列n50颜色代表癌症类型形状代表终点类型箱线图格式同图 1Cp 值通过双侧 Wilcoxon 符号秩检验计算与零比较。B慢性淋巴细胞白血病患者抗 CD19 嵌合抗原受体CART 细胞治疗应答者与无应答者输注样本中 AOAH 和 COLQ 的表达每个点代表一名患者箱线图格式同Ap 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算。C抗 PD-1 治疗的肝癌空间转录组中 AOAH 的平均表达展示格式同B。D肝癌空间转录组示例。E优先排序分泌蛋白对 PD-1 抗体响应的体内验证显示不同时间点的均值 ± 标准误p 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算基于完整肿瘤大小测量的最后时间点。FE中所有小鼠的无终点生存曲线p 值通过双侧对数秩检验计算。G基因过表达与载体过表达肿瘤细胞混合接种验证蛋白分泌效应展示格式同Eρ 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算基因组或基因 - 载体混合组与载体组对比。HG中所有小鼠的无终点生存曲线展示格式同Fρ 值通过双侧对数秩检验计算基因组或基因 - 载体混合组与载体组对比。IAOAH 对 B16F10 肿瘤的作用展示格式同G。JI中小鼠的无终点生存曲线展示格式同F。KRIL-175 原位肿瘤发光强度与 RenCa 皮下肿瘤生长展示格式同E。LK中小鼠的无终点生存曲线展示格式同F。图4AOAH增强体内免疫治疗效果A自发性肝癌小鼠肝脏的肿瘤发光强度p 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算基于最后1次测量值。BAOAH 武装 pmel CD8 T 细胞过继转移至荷瘤 C57BL/6 小鼠的实验设计。CT 细胞转移后 B16F10 肿瘤的生长曲线与无终点生存展示格式同图 3E、3Fp 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验左和对数秩检验右计算。D荷 B16 肿瘤 C57BL/6 小鼠瘤内注射重组人 AOAH5 mg/kg与溶媒后的肿瘤生长展示格式同图 3E。ED中小鼠的无终点生存曲线展示格式同图 3F。FAOAH 过表达与载体过表达 B16F10 肿瘤中多重免疫荧光检测的标志物阳性细胞比例p 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算。GF的代表性多重免疫荧光图像。HAOAH 过表达与载体过表达自发性肝癌肿瘤中多重免疫荧光检测的标志物阳性细胞比例p 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算仅显示显著结果p≤0.05。IH的代表性多重免疫荧光图像。J流式分析检测 B16 肿瘤分离的 CD45 肿瘤浸润白细胞中标志物阳性细胞比例p 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算。图5AOAH过表达诱导的肿瘤分子景观AMYC-Luc 模型中 AOAH 过表达与载体过表达的差异表达分析每组 4 个肿瘤p 值通过 DESeq2 包的双侧 Wald 检验计算标注按 Wald 检验 Z 值排名的前 10 个代表性基因。B基因集富集分析GSEA示例x 轴显示A中 DESeq2 Z 值排名的基因底部 y 轴顶部 y 轴显示每个基因排名的富集分数中间蓝色竖线代表基因本体生物学过程GO_BP中的基因GSEA 包计算每个基因集的标准化富集分数NESp 值通过双侧置换检验计算1000 次随机化。C前 20 个 GO_BP 基因集按欧氏相似度层次聚类分组编号通路的代表性基因见D。DC中编号基因集的 DESeq2 Z 值。E自发性肝癌小鼠肿瘤单细胞 RNA-seq 的细胞类型分配通过统一流形逼近与投影UMAP展示细胞簇T/NK 簇进一步细分亚簇PMN-MDSC多形核髓系来源抑制细胞NK自然杀伤细胞cDC常规树突状细胞pDC浆细胞样树突状细胞Treg调节性 T 细胞Tfh滤泡辅助 T 细胞。FAOAH 诱导的细胞比例变化柱状图显示均值单个肿瘤以点表示肝癌肿瘤按 OS 抗原状态和 AOAH 过表达分组p 值和 Cohens d 通过双侧 t 检验计算p0.05 且符合 Shapiro-Wilk 正态性检验。GAOAH 诱导的 T 细胞受体TCR克隆扩增以克隆性量化展示格式同F。HAOAH 过表达与载体过表达肿瘤中各细胞类型的差异表达 GSEA 结果使用京都基因与基因组百科全书KEGG术语展示格式同C仅显示至少1个绝对 NES2 的术语。I小鼠肿瘤中 Colq、Cr1l、Adamts7 过表达与载体对照的差异表达分析展示格式同A。JI中差异表达基因的 GSEA 分析展示格式同C每个候选基因显示 10 个选定通路。K小鼠肿瘤 Cr1l 过表达诱导的基因集与人类肿瘤 CR1L 表达相关的共富集基因集每个点代表1个 GO_BP 基因集x 轴小鼠肿瘤 Cr1l 过表达差异基因表达 Z 值计算的 NESy 轴50 个转录组队列中 CR1L 与其他基因表达的 Pearson 相关系数均值计算的 NES红色和蓝色点代表两轴均显著的基因集FDR0.05 且 | NES|2。LK中代表性 NES 分数与通路名称。MCr1l 过表达与载体对照小鼠肿瘤中免疫球蛋白重链IGH的克隆型数量与克隆性展示格式同图 3B。N黑色素瘤抗 PD-1 队列中 CR1L 与 Cr1l 诱导基因人类同源物的相关性示例。图6AOAH增强CD8T细胞激活AT 细胞介导的肿瘤杀伤通过共培养的 B16 细胞 mCherry 荧光标准化量化n4 个细胞培养重复p 值通过双因素方差分析计算时间和处理为两个因素。B小鼠 CD8 T 细胞激活后释放的细胞因子浓度p 值通过双侧配对 t 检验计算每个条件 n3 个生物学重复线代表每个条件的均值。C人类 CD8 T 细胞激活后释放的细胞因子浓度。D小鼠 CD8 T 细胞激活后 CD25 细胞比例。E人类 CD8 T 细胞激活后 CD25 和 CD69 细胞比例。F不同抗 CD3/28 磁珠T 细胞比例下人类 Jurkat NFAT 报告细胞的标准化发光强度。G抗 CD3/28 抗体激活 10 分钟后小鼠 CD8 T 细胞中 p-CD3ζ 和 p-LCK 细胞比例。H人类 CD8 T 细胞激活后 TCR 信号标志物的 Western blot 结果。I重组人 AOAH 处理的小鼠 CD8 T 细胞 RNA-seq 差异表达基因与富集通路折叠变化和 p 值通过 DESeq2 计算NES 通过 GSEA 和特征通路计算。Jhgp100 和 mgp100 脉冲脾细胞激活后小鼠颗粒酶 A 和穿孔素 细胞毒性 CD8 T 细胞比例。Khgp100 和 mgp100 脉冲脾细胞激活后pmel CD8 T 细胞释放的细胞因子浓度线代表每个条件的均值。图7AOAH降解免疫抑制性花生四烯酰磷脂酰胆碱A重组人 AOAH 降解的脂质种类y 轴重组人 AOAH 与溶媒处理的质谱峰面积 log2 折叠变化每个柱代表同一脂质不同离子加合物的均值每个离子以点表示仅显示 log2FC-1 的脂质。B脂质类别富集分析通过双侧 Wilcoxon 秩和检验比较某类别脂质蓝色与非该类别脂质灰色的 log2FC 值每个值组以核密度估计平滑的小提琴图展示仅显示显著脂质类别FDR0.05。CT 细胞培养基中磷脂酰胆碱PC类的脂肪酸富集分析通过双侧 Wilcoxon 秩和检验比较 sn-2 位含花生四烯酸20:4的脂质与其他脂质的 log2FC 值每个值组以小提琴图展示标注 log2FC-1 脂质 sn-1 位的脂肪酸。D重组人 AOAH 处理后小鼠 CD8 T 细胞释放的花生四烯酸浓度n5 个生物学重复。EPC (16:0-20:4) 对激活小鼠 CD8 T 细胞细胞因子释放的抑制率每个点代表 PC 处理组与模拟处理组的细胞因子浓度比n3 个生物学重复线代表每个条件的均值。FPC (16:0-20:4) 对激活人类 CD8 T 细胞细胞因子释放的抑制率展示格式同En3 个人类供体。GPC (16:0-20:4) 预处理的小鼠 CD8 T 细胞激活后p-CD3、p-LCK 和 CD25 细胞比例n3 个生物学重复。HPC (16:0-20:4) 预处理的人类 CD8 T 细胞激活后CD25 和 CD69 细胞比例n3 个人类供体。I激活小鼠 CD8 T 细胞的脂质过氧化量化基于细胞内活性氧水平y 轴每个细胞中初始脂质传感器与过氧化传感器水平的比值所有比值以核密度估计平滑的小提琴图展示p 值通过双侧 Wilcoxon 秩和检验计算2组中位数对比n3 个生物学重复。JPC (16:0-20:4) 处理的小鼠 CD8 T 细胞 RNA-seq 差异表达基因与通路折叠变化和 p 值通过 DESeq2 计算NES 通过 GSEA 和特征通路计算。K小鼠脾细胞经氧化型 PC (16:0-20:4) 预处理后与 OT-1 CD8 T 细胞含 10 nM OVA 抗原共培养活 CD11c 细胞中树突状细胞抗原呈递和共刺激标志物的抑制百分比n3 个生物学重复。LAOAH 序列丝氨酸 263→丙氨酸点突变的色谱图上对硝基苯基乙酸酯的催化活性降低以对硝基苯基丰度衡量下基于最后1次测量值对比n3 个生物学重复。M野生型重组人 AOAH、突变型重组人 AOAH 和溶媒处理后小鼠和人类 CD8 T 细胞释放的花生四烯酸浓度通过竞争性 ELISA 测量小鼠 CD8 T 细胞 n5 个生物学重复人类 CD8 T 细胞 n3 个生物学重复。N野生型 AOAH、突变型 AOAH 和溶媒处理的小鼠 CD8 T 细胞激活后CD25 和 CD69 细胞比例p 值通过双侧非配对 t 检验计算n3 个细胞培养重复。O野生型或突变型重组人 AOAH 存在时小鼠 CD8 T 细胞激活后释放的细胞因子浓度展示格式同E每个浓度下对比野生型与突变型数值n3 个生物学重复。详细总结思维导图mindmap脑图数据规模与类型体内验证结果小鼠模型治疗效果验证参考Cell. 2025 Sep 4;188(18):5062-5080.e32. doi: 10.1016/j.cell.2025.07.004. Cancer immunology data engine reveals secreted AOAH as a potential immunotherapy注AI辅助创作如有错误欢迎指出。内容仅供参考不构成任何建议。