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帝国网站搬家教程,海南百度推广公司电话,专业电商网站建设价格,网页版梦幻西游兑换码GWAS找到的海量疾病风险变异#xff0c;到底哪些才是真正致病的#xff1f;非编码变异的功能又该怎么验证#xff1f;这两个问题一直是生信和医学研究者的痛点#xff0c;尤其对于年龄相关性黄斑变性#xff08;AMD#xff09;这类复杂眼病。 2026年1月27日#xff0c;S…GWAS找到的海量疾病风险变异到底哪些才是真正致病的非编码变异的功能又该怎么验证这两个问题一直是生信和医学研究者的痛点尤其对于年龄相关性黄斑变性AMD这类复杂眼病。2026年1月27日Sean K. Wang、Jiaying Li团队在《Cell Reports》发文用单细胞多组学结合增强子连接组分析从人类视网膜色素上皮RPE和脉络膜组织入手系统性解析了AMD的风险变异。今天我们就来拆解一下这篇生信文章Single-cell multiome and enhancer connectome of human retinal pigment epithelium and choroid nominate causal variants in macular degeneration。研究概述AMD是全球主要致盲原因分干性和湿性两类干性AMD至今缺乏有效治疗。GWAS已经发现了多个AMD相关风险位点但这些位点里大部分是非编码变异没法直接判断功能和是否致病。研究团队把目光放在AMD病变最先累及的RPE和脉络膜组织整合单细胞转录组、表观组、HiChIP、STARR-seq等多种技术一口气分析了近2000个AMD相关变异最终筛选出有明确致病潜力的变异和相关机制还公开了一套可用的研究资源。实验设计研究用了9名捐赠者的14只眼的RPE-脉络膜复合物其中4只眼确诊干性AMD。团队先优化了Omni-ATAC方案解决了色素干扰细胞核分离的问题然后做了单细胞转录组和表观组的联合测序。后续还开展了H3K27ac HiChIP实验来绘制增强子-基因相互作用网络用等位基因特异性STARR-seq验证变异功能同时结合已发表的eQTL数据和ChromBPNet深度学习模型从多个维度解析这些风险变异的实际作用。研究结果图1研究成功拿到了RPE和脉络膜9种细胞的基因表达和染色质可及性图谱RPE细胞和成纤维细胞是其中最主要的细胞类型。图2每种细胞的染色质可及性特征都很独特而且和之前发表的批量 ATAC-seq 数据能对应上。图3用 H3K27ac HiChIP 和ABC模型找到了21294个增强子还构建了49609个增强子-基因的相互作用关系。图4四种不同的增强子定位方法捕获到的相互作用有差异但都富集了RPE和脉络膜的特异性标记基因。图5把 GWAS 数据和单细胞数据整合后发现AMD风险变异在RPE、脉络膜、光感受器和神经胶质细胞里含量更高。图6STARR-seq 在普通和补体激活状态下分别鉴定出462个和342个有增强子活性的AMD相关SNP部分SNP的调控活性还和等位基因有关。图7经过8项标准筛选59个变异被列为高优先级致病变异其中一些通过调控VEGFA、PLTP、COL8A1等基因参与AMD发病。数据分析生信分析该研究涉及的组学技术包括单细胞转录组测序scRNA-seq、单细胞染色质可及性测序scATAC-seq、HiChIP、STARR-seq、eQTL分析和ChromBPNet深度学习模型。1. scRNA-seq分析先用Cell Ranger ARC处理原始数据得到基因表达矩阵再用Seurat做标准化、降维聚类Harmony用来校正批次效应通过FindAllMarkers函数找到细胞类型特异性标记基因最后手动给细胞类型注释。2. scATAC-seq分析借助共享条形码把scRNA-seq的细胞类型注释结果用到scATAC-seq上用ArchR软件处理数据MACS2调用染色质可及性峰鉴定出细胞类型特异性的标记峰再分析这些峰和启动子的共可及性以及峰和基因表达的相关性。3. HiChIP分析HiC-Pro处理测序数据过滤掉重复reads后生成相互作用矩阵Juicer软件调用H3K27ac HiChIP环最后看这些环的锚点和scATAC-seq峰有没有重叠。4. STARR-seq分析FLASH合并测序readsBWA-MEM比对到寡核苷酸序列DESeq2做计数标准化找出输出库中比输入库显著富集的序列作为增强子再用mpra包分析等位基因的特异性活性。5. 多组学联合分析先整合scRNA-seq和scATAC-seq数据把基因表达和染色质可及性关联起来再结合HiChIP、ABC模型、STARR-seq、eQTL数据和ChromBPNet的预测结果构建增强子连接组最后对AMD风险变异进行优先级排序。统计分析• 筛选差异表达基因时设定log2倍变化≥0.5、FDR0.05• 鉴定差异可及性峰时设定log2倍变化≥0.5、FDR≤0.25• STARR-seq定义增强子时要求log2倍变化0.585、调整后p值0.05• 功能性SNP需要满足两个条件位于STARR-seq增强子区域、调整后p值0.05且log2倍变化超过对照SNP的80百分位• 统计检验用Fisher检验多重检验校正用Benjamini-Hochberg法。总结研究意义这是首次构建人类RPE和脉络膜的单细胞多组学图谱还有全基因组范围的增强子连接组。研究明确了AMD风险变异的细胞靶点和调控机制提名了多个致病变异和相关基因不仅为AMD发病机制研究提供了新方向还为RPE和脉络膜相关的其他疾病比如中心性浆液性脉络膜视网膜病变、脉络膜黑色素瘤等提供了可复用的公共资源。文章复现这篇文章的原始数据和生信分析代码都公开了非常全面。• 原始数据• GEOGSE262151包含scRNA-seq、scATAC-seq、HiChIP数据• GEOGSE289703STARR-seq数据• Zenodohttps://doi.org/10.5281/zenodo.14031498ChromBPNet模型• 生信分析代码https://github.com/seankwang/RPEchoroid-multiome• 研究资源网页https://eyemultiome.su.domains/推荐阅读中国银河生信云平台UseGalaxy.cn致力于零代码生信分析。平台拥有海量计算资源、3000 多个生信工具和数十条生信流程并且为用户提供 200G 免费存储空间。进群交流请先加 usegalaxy 为好友。最佳Galaxy生信云平台教程从入门到精通图文版转录组分析流程和工具大全最强总结全网最佳WGCNA分析教程一键完成一文搞懂GSEA富集分析一文详解细菌耐药性生信分析:从下机数据到耐药基因鉴定一文学会从测序数据到构建系统发育树超全面的详细步骤与软件指南平台经典生信流程推荐课程我们还为进阶用户提供高质量培训课程欢迎参加RNA-seq数据分析实战 | 2026年第2期开启你的生信学习之旅